大正6年、大阪にコレラが発生、流行し、京都市内にも伝染の兆しが見えはじめ、当時はまだ、市立の衛生研究所が設立されていなかったため、京都府内の病原菌検索を実施するために京都大学、京都府立医科大学及び京都府医師会によって、左京区岡崎に京都微生物研究所がつくられたのが始まりです。
当研究所は、京都府内開業医家の唯一の病理試験ならびに研究室として、昭和20年の終戦まで業務が続けられました。
昭和20年末に、山梨医学専門学校貴宝院秋雄教授が管理を受け継ぎ、京都府公認の伝染病原菌検索、臨床検査の実施機関として再出発し、ワクチン製造、細菌、血清等の検査を中心として逐次、血球、血液、寄生虫、尿化学検査、病理組織検査と内容の充実がはかられました。
撮影者名：佐々木秀隆
昭和32年、京都において最初の生化学的臨床検査を意図して、京都府立医科大学生化学・能勢善嗣教授の指導を受け、生化学的検査のルーチン化を開始しました。
昭和39年5月、京都府、京都市の公衆衛生活動に寄与する業務が多いことから、社団法人の認可を受け、公益法人として運営されることになりました。この事業は、臨床検査部門・小酒井望／仁木偉瑳夫／冨田仁、病理組織部門・高松英雄、公衆衛生部門・貴宝院秋雄／大田黒猪一郎氏らを理事に専任し、その指導のもとに着実な発展を期しました。
大正6年8月
京都府公認の伝染病予防及び臨床検査等研究所として設立
昭和39年5月
京都府認可を受け社団法人となる
昭和47年7月
京都府衛生部認可登録衛生検査所となる
昭和47年8月
環境衛生部門を設立
昭和49年4月
本部社屋を新築する。岡崎 河原町より山科に移転
昭和50年12月
ビル衛生管理法に基づく飲料水検査機関の認可を受ける
昭和51年5月
計量証明事業所の認可を受ける
昭和52年12月
作業環境測定機関の認可を受ける
昭和54年4月
本部事務棟を新築する
昭和54年5月
簡易専用水道管理検査指定機関の認可を受ける
昭和54年7月
水道事業者等の水質検査指定機関の認可を受ける
昭和55年6月
福知山支所を設置
昭和56年9月
福知山支所、京都府衛生部認可 登録衛生検査所となる
昭和57年5月
し尿浄化槽の維持管理検査指定機関の認可を受ける
昭和61年12月
簡易専用水道管理検査指定地域追加の認可を受ける
昭和62年8月
食品衛生検査指定機関の認可を受ける
平成3年12月
本部・支所とも臨床検査の精度管理基準適正認定証の交付を受ける
平成3年12月
福知山支所、社屋を改築
平成7年1月
総合科学分析センターを新築
平成7年2月
本部・支所とも医療関連サービスマーク認定を受ける
平成15年1月
CAP（米国臨床病理学会）認定を受ける
平成15年2月
特定計量証明事業者（MLAP)の認定を受ける
平成15年3月
福知山支所（北部ラボラトリー）社屋新築移転
平成16年2月
総合科学分析センター ISO-9001 認証を受ける
平成17年10月
京都市山科区（本部敷地内）に付属診療所開設
平成18年3月
臨床検査業務 ISO-15189認定を受ける
平成18年12月
温泉法登録分析機関の許可を受ける
平成19年2月
健康診断業務 ISO-9001認証を受ける
平成19年2月
政府管掌保険生活習慣病予防健診実施医療機関
平成19年4月
日医レセプトオルカサポート事業開始
平成20年4月
特定健診、特定保健指導機関として事業開始
平成21年5月
本部社屋、付属診療所新築移転
平成26年4月
一般社団法人の認可を受ける
平成26年11月
滋賀営業所開設（草津市野路町）
平成28年1月
兵庫豊岡支所開設（豊岡市昭和町）
平成28年4月
健康診断業務 ISO-27001認証を受ける
平成28年9月
豊岡支所、兵庫県但馬県民局認可 登録衛生検査所となる
平成29年7月
北部健康管理センター開設（京都府与謝郡与謝野町）
平成30年3月
水道水質検査優良試験所（水道GLP）の認定を受ける
令和2年4月
公益社団法人 全国労働衛生団体連合会 入会